Este conjunto de convento e iglesia fue fundado y mandado construir a finales del siglo XV por don Iñigo López de Mendoza, primer conde de Tendilla, quien en una de sus estancias en Roma, en 1487, a donde fue enviado, como ya hemos visto, por los Reyes Católicos para solucionar las diferencias surgidas entre Fernando de Nápoles y el papa Inocencio VIII, consiguió de éste el Breve y las licencias necesarias para fundar en su recién adquirida villa de Mondéjar un convento de frailes franciscanos. Su fundación es de 1489 y muy poco después se iniciaron los trabajos de construcción del cenobio y de su iglesia, que se concluyó hacia 1508. El monasterio quedó deshabitado en la Desamortización de 1835 y demolido casi por completo (lo que no se había hundido ya) en 1916, para de él sacar la piedra con que construir la plaza de toros de la villa.

Aun con todo y a pesar del expolio incalificable de los siglos, pueden hoy día estudiarse en las ruinas de este edificio los primeros y elegantes pasos del Renacimiento español, puestos sobre la áspera tierra alcarreña por el interés generoso del conde de Tendilla. Era su fábrica de mediano sillarejo, con muros lisos reforzados de contrafuertes. De una sola nave el templo, con coro alto a los pies, en el muro del testero se ven cómo los apeos superiores se constituyen por pilastras finísimas, recuadradas con molduras y corrido encima un entablamento muy pobre y sin talla; los capiteles llevan estrías, volutas acogolladas y una flor en medio. Los tímpanos de dicho testero, de arcos muy apuntados, aparecen ocupados por grandes escudos dentro de láureas: el central muestra la cruz de Jerusalén, recuerdo del cardenal Mendoza (tío carnal del comitente), que ostentó este título eclesial y cardenalicio, y a los lados las armas del fundador, don Iñigo López, que son las de Mendoza sobre una estrella y con la leyenda BVENA GVlA adoptada por los Mondéjar, más las de su mujer doña Francisca Pacheco.

La portada de este antiguo templo se mantiene como por milagro. Consta de un gran arco semicircular con varias arquivoltas cuajadas de fina decoración de rosetas, hojas, bolas, etc., apoyadas en casi desaparecidas jambas con similar ornamento. En las enjutas del arco acompañados de plegada cinta, aparecen los escudos del matrimonio fundador. Todo ello se escolta por dos semicilíndricos pilastrones cubiertos de talla vegetal y rematados en compuestos capiteles. El entablamento de este arco es riquísimo, ocupado por un friso con delfines, atados en parejas por sus colas y cabezas de alados querubines, mas series de bolas y dentellones.

Encima va un amplio arco que no llega a ser completamente semicircular, con candeleros a sus lados y por frontispicio se ve una especie de gablete con molduraje de cornisa. Dicho arco está ocupado por una pequeña imagen de la Virgen con el Niño en brazos, sedente, sobre gran medallón circular de fondo avenerado, al que ciñen cornucopias con estrías y cintas plegadas. El fondo del gablete se llena de robusto follaje que orla el aro del tímpano. Se trata de una especie de cardo espinoso, muy revuelto y con una gran palmeta en medio, cargada de grano, quizás una mazorca de maíz, similar en todo a las que circuyen el arco de la puerta en el palacio ducal de Cogolludo. El autor de esta maravillosa iglesia conventual de San Antonio de Mondéjar es con gran probabilidad, el arquitecto Lorenzo Vázquez, ejecutor de muchas otras obras de este inicial estilo para los Mendoza alcarreños.